پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی دارای چهار پژوهشکده علوم محیطی، فوتونیک، مواد، انرژی و گروه پژوهشی فناوری اطلاعات می باشد. این پژوهشکده ­ها در زمینه هاي پژوهشی و آموزشی از جمله اجرای طرح هاي تحقیقاتی بنیادی و کاربردی، ارتباط علمی با مراکز دانشگاهی و پژوهشی داخل و خارج از کشور و برگزاری سمینارها و کارگاه هاي آموزشی و پذیرش دانشجو در سطح کارشناسی ارشد و دکتری فعالیت دارند.