پژوهشکده فوتونیک متشکل از چهار گروه ليزر، فيبر نوري، نيمه هادي ها و نانوفوتونيک است که به منظور تحقق اهداف تعيين شده بر مبنای اساسنامه مرکز از سال 1380  با موافقت اصولی فعاليت خود را آغاز و در سال 1383 موافقت قطعی را از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری کسب نموده است. در حال حاضر اين پژوهشکده با اعضاي هيئت علمي تمام وقت ونيمه وقت به فعاليت پژوهشي و آموزشي مورد نظر مي پردازد.