پژوهشکده علوم محیطی با داشتن موافقت نامه از سال 1380 فعالیت پژوهشی و آموزشی خود را در قالب چهارگروه تخصصی اکولوژی، بیوتکنولوژی، تنوع زیستی و محیط زیست آغاز نموده است. این پژوهشکده به منظور تحقق اهداف تعیین شده و رسیدن به اولویت های مورد نظر با تکیه بر نیروهای هیات علمی متخصص و کارشناسان ورزیده و یاری گرفتن از تمامی محققان شایسته در سطح کشور و با توجه به سیستم دستگاهی و تجهیزات پیشرفته آزمایشگاهی موفق شده است در این مدت طرح های تحقیقاتی زیادی را در زمینه های مورد نظر به اجرا رساند، اهداف پژوهشکده در قالب اهداف و اولویتهای گروههای پژوهشی تدوین شده است.

پژوهشکده علوم محیطی با نگرش تولید علم و گسترش مرزهای دانش و رفع مشکلات کشور از طریق اجرای طرحهای کاربردی اماده همکاری با  تمامی محققان و اعضای هیات علمی بوده و پذیرای طرحهای پژوهشی در زمینه اولویتهای گروهها می باشد. این پژوهشکده با دانشگاههای شهید باهنر و علوم پزشکی کرمان سابقه تفاهم نامه برای اجرای طرحهای پژوهشی مشترک را داراست و با دانشگاههای تربیت مدرس، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک، انجمن گیاهان داروئی ایران و انستیتو رازی کرمان تفاهم نامه برای اجرای طرح مشترک و پذیرش دانشجوی مشترک در مقاطع تحصیلات تکمیلی را امضا نموده است و با ستادهای ملی نانو، زیست فناوری و سلولهای بنیادی همکاری دارد. دانشجویان دکتری سایر دانشگاهها میتوانند پس از ارائه و تائید پروپوزال در یکی از گروهها و عقد تفاهم نامه با دانشگاه محل تحصیل از پشتیبانی مالی، علمی و پژوهشی و امکانات این پژوهشکده برخوردار شوند.