- پژوهشکده فوتونیک متشکل از سه گروه گروه پژوهشی ليزر، فيبر نوري، و نيمه‌هادي‌ها است که به منظور تحقق اهداف تعيين شده بر مبنای اساسنامه مرکز از سال 1380 با موافقت اصولی فعاليت خود را آغاز و در سال 1383 موافقت قطعی را از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری کسب نموده است. اين پژوهشکده، همچنین دارای فعاليت آموزشي در رشته¬‌های فیزیک اتمی و مولکولی (دکتری)، فوتونیک (دکتری)، و علوم و فناوری‌های نانو - نانوفیزیک (کارشناسی ارشد) است.

اهداف:
• تربیت کادر متخصص و ورزیده، با فراهم کردن محیطی که دانشجویان و اعضای هیئت در رشته فوتو¬نیک، فیزیک، نانوفیزیک و دیگر زمینه های علمی بتوانند فعالیت های تحقیقاتی خود را در تعریف وسیع فوتونیک - از کار فیزیکی پایه بر روی لیزرها تا محاسبات کوانتومی و نانوساختارهای فوتونی انجام دهند.
• همکاری پژوهشی با مؤسسات آموزشی و پژوهشی و پژوهشگران داخل و خارج از کشور در زمینه فعالیت¬های پژوهشکده.
• کمک به گسترش به¬کارگیری فناوری¬های حوزه فوتونیک در کشور، توسط ارتباط فعال با دانشگاه-ها، صنعت و نهادهای مربوطه.
• تولید دانش و فناوری در جهت توسعه پایدار اقتصادی برای رقابت در عرصه‌های ملی و بین المللی.
• تحقیقات راهبردی در خصوص دانش و فناوری‌های نوین که منجر به طراحی و ساخت ابزارهای جدید و بهینه‌سازی و یا کاربردی نمودن آنها می¬شود از جمله:
- مطالعه و توسعه پايه‌اي در اپتيک کوانتومي
- مطالعه و توسعه فيزيک نيمه‌هادي در جهت مطالعه انواع ليزرهاي نيمه‌هادي و ساخت آن‌ها و همچنين مطالعه برروي آشکار سازهاي نيمه‌هادي